Trường THPT Ngô Gia Tự tiền thân là trường Cấp 2-3 Ngô Gia Tự được thành lập theo quyết định số 860/QĐ – UB, ngày 21/8/1990 của UBND tỉnh Đắk Lắk.
Cho tới nay, nhà trường đã được lãnh đạo bởi các thầy cô Hiệu trưởng/ Phụ trách trường gồm:
| TT | Hình ảnh | Họ và tên | Nhiệm kỳ | Ghi chú |
| 1 |  | Thầy Nguyễn Minh Tăng | 1990 – 1996 | Hiện thầy đã nghỉ hưu |
| 2 |  | Thầy Đào Xuân Tĩnh | 1996 – 2006 | Hiện thầy đã nghỉ hưu |
| 3 |  | Thầy Nguyễn Hải Châu | 2006 – 2008 | Thầy đã mất (ngày 26/4/2023) |
| 4 |  | Thầy Lê Văn Thái | 2008 – 2009 | PHT Phụ trách trường; Hiện thầy đang công tác tại trường THPT Buôn Ma Thuột |
| 5 |  | Thầy Trần Thanh Minh | 2009 – tháng 8/2014 | Hiện thầy đã nghỉ hưu |
| 6 |  | Thầy Bùi Văn Chương | Tháng 9/2014 – tháng 3/2019 | Hiện thầy đã nghỉ hưu |
| 7 |  | Cô Phạm Thị Dinh | Tháng 4/2019 – nay |
*****
